על מקורם של יהודי אתיופיה ועל הזמן ההיסטורי שבו הגיעו לאתיופיה חסרים
מקורות כתובים. לרוב ההיסטוריה נשמרה בעל פה והועברה כך מדור לדור.
אבל לפי ההשערה ולפי צורת החיים שנשתמרה ניתנו כשלוש גרסאות בנוגע לשאלת מוצאם.

הדעה הרווחת לגבי מוצאם של יהודי אתיופיה אומרת שהם צאצאי שבט דן ,בימי פילוג בין מלכות ישראל למלכות יהודה, שבט דן שהחליט שלא להיגרר לריב בין האחים ירד למצרים ומשם הדרימו עם הנילוס לארץ כוש באזור אתיופיה וסודן של היום.

למסורת זו יש ביסוס במקורות - כך מנבא הנביא ישעיה בימי גלות עשרת השבטים את שיבתם הביתה של הגולים ובכלל זה מארץ כוש, "והיה ביום ההוא יוסיף ה' שנית ידו לקנות את שאר עמו אשר יישאר מאשור וממצרים ומפתרוס ומכוש ומעילם ומשנער ומחמת ומאיי הים, ונשא נס לגויים ואסף נידחי ישראל ונפוצות יהודה יקבץ מארבע כנפות הארץ" (ישעיה י"א, י"א- י"ב).


ביסוס נוסף קשור בנוסע יהודי , אלדד הדני מהמאה ה14- שביקר באפריקה ובאסיה והוא מספר ליהודי בבל על שבט דן שירד לאתיופיה{כוש} דרך מצרים בימי פילוג הממלכה למלכות יהודה ומלכות ישראל. יש הקושרים את יהודי אתיופיה למסע הארוך של מלכת שבא.

מספרים על בן שנולד למלך שלמה ולמלכת שבא ושמו מנליק, הבן משגדל והחכים שב לירושלים לבקר את אביו ובסיום הביקור שב לאתיופיה ועמו ארון הברית ורבים מבני שבטי ישראל שהלכו וייסדו ממלכה יהודית.

דעה אחרת טוענת שאלה צאצאים של מהגרים יהודים ממצרים ותימן. במאה הרביעית התנהלה מלחמה קשה ועקובת מדם בין אתיופיה לערב הסעודית ותימן. במהלך המלחמה הגיעו תושבים יהודים מתימן וערב הסעודית לחפש מסתור באתיופיה.
הם נכנסו לצפון אתיופיה, לאזור אקסום וטיגריי, ולאט -לאט ירדו למרכז אתיופיה. ישנן
גרסאות נוספות המסבירות אך הן פחות מקובלות בקרב בני הקהילה.